私のところでは，システム開発に使用するプログラミング言語は，特に指定しません．
研究グループ内でここ3年間で見かけた言語を，ざっと挙げてみましょう．
研究グループとしては，PHPがおすすめでしょう．3年ゼミでも，PHPでコードを書くわけですし．ただし，私は日常，PHPでコードを書きませんので，プログラムがうまく動かないときの指導は期待しないでください．研究室の先輩を尋ねてくださいな．
今年度の卒業研究では，何人か，Cでアプリケーションを作っていました．新しい言語を学ぶ余裕がない，というのは消極的な理由，特別なライブラリを使いたい，というのは積極的な理由ですね．プログラマが，配列，ポインタ，文字列処理を十分に理解していれば，何をさせるにもいいと思います．私自身，授業と演習を担当していて，典型的なミスをよく知っているので，アドバイスはしやすいと思います．
用途によってはJavaもいい選択肢です．社会に出ても使えると思います．APIが膨大なのが，長所でもあり短所でもあります．
私自身のメイン言語は，Rubyです．Webアプリケーションなら，Ruby on Railsも学びたいものです．もし卒業研究で，Rubyを勉強して，アプリケーションを作りたいというなら，いくらでもアドバイスします*1．言語としては非常に興味深いけれど，就職先で使えるかどうか分からないことは，知っておいてください．
もう一つ，私にとってメインになりつつある言語は，JavaScriptです．テキストエディタとブラウザがあれば，ちょっと複雑な計算をやって，結果を見せてくれます．DOMを学ぶのが大変かも．
新しいプロジェクト*2で，私から，プログラミング言語を指定することはありません．その分，何を使うかは，学生みなさんの自主性にお任せしますI will respect your autonomy．「何でもいい」ではありませんよ．まず私に対して，なぜそれを使用するか説明し，卒業論文・修士論文で，それを採用した理由を記載することになります．
それから，プログラミングがすべてではありません．データエンジニアリング研究グループでは，「動くもの」だけでなく，その周辺，例えば，どのようなデータ構造を定義したかや，データベースの中で情報を円滑に取り扱えるよう，どのような概念設計(スキーマ設計)を行ったかも，成果に含まれます．
データエンジニアリングといえばデータベース，だからSQLは当たり前に使えるように．設計を図にして教員に見せ，研究グループで共有するための各種表記法*3も勉強し，使えるようにしておきましょう．
(追記) 統計処理をするとき，Rというフリーの統計処理ソフトウェアを使うことが多いです．
