私の環境と使い方をまとめてみました．
Emacs使いの方々はどうされているのだろう?
http://d.hatena.ne.jp/hrkt0115311/20091112/1257979533
お星さま3つ，ありがとうございます．うちはですね，基本的にWindowsで，コマンド実行にはCygwinを，そのための端末ソフト（ターミナルエミュレータ）にはck*1を愛用してきました．一つのウィンドウで，上の図の箱に相当する各仮想端末を渡り歩いています．表示の文字コードは，ShiftJISでもEUC-JPでもUTF8でも大丈夫です．IMEによる日本語入力をしない，と割り切っています．
日本語入力は，テキストエディタでやっています．Windows上のテキストエディタは，Cygwinとは全く独立で，Meadowです．独立と言ってもソフトウェアレベルの話であり，ファイルの単位では連携させています．すなわち，シェルのリダイレクションで書き込んだファイルをMeadowで開くこともありますし，逆に，日本語の入力が欲しいときにはMeadowでファイルを作って，コマンドの中で `echo ファイル名` とすることもあります．
LinuxのGUIを使うことも，ないことはないのですが，基本的にはsshでログインし，GNU screenの仮想端末に入っています．
具体的なシェル使用の手順ですが，まずランチャから，ckを起動します．Cygwinで，zshを立ち上げるようにしていて，ほどなくプロンプトが出ます．そこでコマンドを実行している間はそれでいいですし，別途，端末がほしくなったら，C-S-n (CtrlとShiftを押しながらN)とします．そこもそこで別にコマンドを実行できます．
ckとしての端末の移動は，上の図の緑色の線です．各移動のキーバインドは，C-tabです．Ctrlキーを押しながら，Tabキーを繰り返し押せば，ぴょんぴょん移動します．
sshコマンドを実行して，Linuxマシンにリモートログインしたら，まず「screen -xR」と実行します．「-xR」という引数のおかげで，screen端末がすでにあればそこに入るし，なければ開設してくれます．
開設直後のscreenが管理する仮想端末は一つだけですが，C-p cで増やすことができます．
ところで，GNU screenのデフォルトのコマンド文字はC-aですが，私は ~/.screenrc に「escape ^p^p」と書いています．コマンド文字がC-pとなり，さらに，C-p C-pが，通常のC-pと同じ意味になります．
screen端末の中での移動は，オレンジ色の線です．移動・巡回するには，C-p SPCです．実はここも，Ctrlキーを押しながら，P，スペース，P，スペース，…でぴょろぴょろ移ってくれます．
Linux環境で，Emacsは，この端末の中で「emacs -nw」として常駐させています．
図の中で「［top］」と書いているのは，シェルを起動してtopというコマンドを実行している，そういう仮想端末です．ロードの高いプロセスや，メモリ使用量を知ることができます．
Emacsの中で，シェルは，立ち上げません．同じマシンの他のscreen仮想端末を使えばいいじゃないか，というスタイルです．makeやplatexなどを実行するとき，編集中のバッファのエラー行に飛べないのは，承知の上です．
Linuxのscreen環境から抜けるには，C-p S-d S-d，すなわちCtrl-Pのあと，Shiftを押しながら，Dを2回です．
ウィンドウサイズは，ckのウィンドウを変更することで，瞬時に変わります．とくに，一時的に最大にして，Emacsでの編集をしやすくしています．screen仮想端末も，Emacsの文字領域も，追随してくれるのはありがたいです．
ターミナルの色は，ckの設定ファイル，具体的には ~/.ck.config.js で定義されています．LinuxのscreenのEmacsも，色つきです．
