Windowsに，Java開発環境をインストールし，Cygwinからコンパイルなどがスムーズにできるよう，少し作業をしていました．
Javaのダウンロードについては，検索で見つけたhttp://www.oracle.com/technetwork/jp/java/javase/downloads/index.htmlにアクセスします．「こちら（USサイト）」をクリックし，JDKの下の「DOWNLOAD」ボタンを押します．
「Java SE Development Kit なになに」の2〜3行後の「Accept License Agreement」の左をクリックしてから，OSに合わせてダウンロードするファイルを選びます．今回は「jdk-8u121-windows-x64.exe」にしました．
ダウンロードが完了したら，exeファイルをダブルクリック．特に設定を変えることなくインストールを終え，念のため再起動しました．
Cygwinのシェル上では，以下の3つのコマンドを実行します．
export JAVA_HOME="/cygdrive/c/Program Files/Java/jdk1.8.0_121"
PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
rehash
これで，which java javacを実行すると，パスが出力されます．
ただ，何かあってJavaをアップグレードしたら，その都度，環境変数JAVA_HOMEの値を変えないといけません．ちょっと面倒です．何かいいのがないか，検索…ありました．
java_wrapperを導入します．
wget http://ymu.dl.osdn.jp/javaoncygwin/53264/java_wrapper && chmod +x java_wrapper && mv java_wrapper ~/bin
cd /usr/local/bin
~/bin/java_wrapper createsymlinks
念のため新たなCygwinシェルを開き，which java javacを実行すると，「/usr/local/bin/java」「/usr/local/bin/javac」と出ます．java -versionやjavac -versionで，バージョン情報も出ました．
シェルの起動時に，設定するよう，シェルスクリプトにしておきましょう．ファイル名は.zshrc.javaとし（Gist），.zshrcに「source $ZDOTDIR/.zshrc.java」と書いて読み込むようにしました．
.zshrc.javaの内容をかいつまんで説明します．はじめに，~/.java_homeというファイルがあるかを調べます．もしあれば，その中身を，環境変数JAVA_HOMEの値とします．
~/.java_homeがなければ，C:\Program Files\Javaに，jdkから始まるディレクトリ名があるかを調べ，あれば，その中で最後の名前を，JAVA_HOMEの値とします．「jdkから始まる」（対応するコードは「| grep jdk」）も必須で，この選別をしていないと，ある実行環境では，jre1.8.0_121のほうを取得し，javacコマンドが使えなかったのでした．
環境変数JAVA_HOMEが設定されているか*1，$JAVA_HOMEのディレクトリが存在するか，~/bin/java_wrapperが存在しないか，などで場合分けして，実行パスの設定などの処理もしています．
Javaのバージョンが上がれば，~/.java_homeを消して，シェルを立ち上げ直すだけです．
Tomcatは…http://tomcat.apache.org/にアクセスします．左の「Tomcat 8」をクリックし，8.0.41の中の「tar.gz」です．
apache-tomcat-8.0.41.tar.gzをダウンロードしまして，適当なところに移動させてから，tar xf apache-tomcat-8.0.41.tar.gzで伸長し，./apache-tomcat-8.0.41/bin/startup.shで起動，./apache-tomcat-8.0.41/bin/shutdown.shで終了しました．
javaファイルのコンパイル時には，メッセージの文字コードにも注意が必要です．バッドノウハウを承知で，「javac ... 2>&1 | lv」という書き方をとっています．また，ソースファイルがUTF-8のときは，「javac -encoding UTF-8 ...」と書きます．
