emacsでファイルを開くときに，ターミナルから「emacs ファイル名」を実行しています．コンパイル・実行のためのシェルは，別のターミナルを使っています．
5日前に書いたことです．もう忘れそうです．別パターンも(こっちのほうが深刻です)．
emacsでファイルを開くときに，ターミナルから「emacs ファイル名」を実行しています．セーブしたら，emacsを終了．コンパイル・実行して，ファイルを修正したいときに，また「emacs ファイル名」を実行して，emacsをその都度立ち上げます．
では対策を．
まず，emacsを起動するときは，「emacs &」または「emacs ファイル名 &」のように，アンドマーク(アンパサンド)を最後につけましょう．すると，このコマンドをバックグラウンドジョブとして実行します．つまり，emacsはemacs，シェルはシェルで別々に使えます．アンドマークをつけなければ，フォアグラウンドジョブとなって，emacsを終了するまでこのシェルは待っている…ということでシェルが使えず非効率になります．
emacsは，一度起動したら，ログアウトまで終了しないようにしましょう．昔々emacsは，Emacs Makes A Computer Slowの頭文字と揶揄されるくらい，重たいプログラムですから(そして，演習室の環境では，コマンドを実行してから使えるようになるまで数秒〜数十秒かかりますね)．
複数のファイルを編集するのに，その数だけemacsを起動しないようにしましょう．一つのemacsで，複数のファイルを編集できます．何かのファイルを編集中に，Ctrl-x Ctrl-fと押す*1か，マウス操作だとメニューから「File」そして「Open File」を選べば，新たなファイルが開くことができます．しかし，それまで編集していたファイルが消えるわけではありません．Ctrl-x Ctrl-bを押すか，メニューの「Buffers」をクリックしてみると，ファイル名が出てきます．
同時に2つのファイルがemacsで見えるようにしたければ，昔はCtrl-x 2なのですが，現在では，Ctrl-x 5 2*2を使いましょう．これで新たなウィンドウができます．この操作で，emacsのプロセスは増殖しません．ということで，ファイルを開くたびにemacsを起動するよりも，Linuxを効率よく使うことになります．
なお，Ctrl-x 5 2でウィンドウはいくつでも開くことができます．消すときは，右上の×印をクリックするよりも，Ctrl-x 5 0を使いましょう．もちろん全部消したければ，emacsを終了するためのキーストロークであるCtrl-x Ctrl-cを使うか，どのemacsのウィンドウでもかまいませんので，メニューから「File」そして「Exit Emacs」を選ぶといいでしょう．
