研究室のサーバはLinuxで，基本的に私が管理しています．
卒論執筆中の学生から，サーバの仕様やソフトウェアのバージョンを知る方法を教えてほしいという問い合わせがあり，一つ一つ回答しました．
「魚の釣り方」を書いておきます．
前提
該当するサーバにログインをし，シェルが使える状態で，コマンドを実行していくものとします．
カーネルのバージョン
次のコマンドで，Linuxカーネルのバージョンを含む，計算機情報が出力されます．
uname -a
なお，カーネルのバージョンは，サーバを適切に（安全に）管理していると頻繁に変わります．評価実験用にカーネルをチューンしていないのであれば（研究室でよく実施している，Webサービスの評価実験も該当します），それよりも，次で説明する，Linuxディストリビューションの種類とそのバージョンを記載することをお勧めします．
DebianかUbuntuか
サーバがDebianかUbuntuかは分かっているけれど，どちらなのか，そしてどのバージョンなのかを知りたければ，次のコマンドを実行して，/etc/apt/sources.listを参照してください．
more /etc/apt/sources.list
moreは，lessやlvに替えてもかまいません（私のお気に入りはlvです）．スペースキーで次のページに進み，qを押せば終了します．
ファイルの中身のうち，「#」から始まる行は無視してください．
Debianだったら例えば「squeeze」，Ubuntuだったら「quantal」といった，見慣れない単語が頻出すると思います．Geegleにかければ，バージョン情報を知ることができます．
squeezeについては「Debian 6.0」，quantalについては「Ubuntu 12.10」と表記するのが，いいでしょう．
メインメモリのサイズ
メインメモリ（実記憶）のサイズを知るには，次のコマンドが便利です．
top
上半分の左側に「Mem: 数」があると思います．その数が，メインメモリのサイズです．ただしその数はキロバイト*1ですので，おそらくギガバイトに変換して，卒論などに書くことになるはずです．800万なら「8GB」です．
topコマンドを終了するには，moreなどと同様で，qを押します．
詳細を知るには，タイプ数は多くなりますが，次のコマンドを実行してください．
more /proc/cpuinfo
PostgreSQLほか
PostgreSQLのバージョンを手っ取り早く知るには，次のコマンドです．
psql --version
「手っ取り早く」と書いたのは，これはPostgreSQLのクライアントのバージョンであり，サーバのバージョンは別だからです．
perlでもpythonでもrubyでも，bashでもzshでも，各コマンドのバージョンを知りたかったら，「 --version」をつけて，実行しましょう．
Apache HTTP Server
卒論で，Apacheに言及する場合，本文の最初に出現するところで「Apache HTTP Server（以下Apache）」と書いてください．2回目以降は「Apache」のみで十分です．
Apacheのバージョンをコマンドラインで確認するには，少々ステップが必要になります．とはいえ，この方法は他のファイルでも有用です．DebianかUbuntuを仮定します．
「apache」まで打ち込んで，Tabキーを押すと，apacheから始まる実行ファイルの候補が出ます．何でもいいのですが，例えば「apachecrl」まで表示させたら，Enterを押すのではなく，次のようなコマンドにしてから，実行します．
dpkg -S $(which apachectl)
私が管理している，あるサーバでは「apache2.2-common: /usr/sbin/apachectl」と出ました．この出力を使って，今度はこんなコマンドを実行します．
dpkg -s apache2.2-common
これでいろいろな情報が出てきます．バージョンだけ知りたければ，次のようにします．
dpkg -s apache2.2-common | grep Version
「dpkg -S ファイル名」で，そのファイルが属するパッケージを知ることができます．「dpkg -s パッケージ名」で，バージョンほか，パッケージの詳細が分かります．
PHP
PHPも，ファイルの所在をもとに，上と同じ方法でバージョンを知ることもできますが，まったく異なるアプローチを知っておいて損はありません．
Webサーバがuserdirをサポートし，PHPも利用可能となっていたら，
echo '<? phpinfo(); ?>' > ~/public_html/phpinfo.php
を実行します（あらかじめ，~/public_htmlはあるものとします）．
そしてブラウザで，「http://サーバ名/~自分のユーザ名/phpinfo.php」にアクセスします．
ページの最上部に，バージョンが表示されます．
いろいろな設定情報を知ることができます．「Apache Version」は，Apacheのバージョンです．
