研究室で自分だけでなく学生も使用するLinuxサーバについて，これまでUbuntu 14.04 LTSでしたが，16.04 LTSにアップグレードしました．
だいぶ前から，SSHでのログイン時に「アップグレード可能だよ，sudo do-release-upgradeしてね」といったメッセージが出ていましたが，学会発表の予稿を提出したタイミングで，更新することにしました．
まずは以下のページに目を通しました．
それと，自分専用のLinuxサーバで，アップグレードをしておきました．常用のscreen環境から，sudo do-release-upgradeを実行しました．途中で何度か「y」とEnterを打ち込みましたが，常に画面に貼りついている必要はありませんでした．
さて，研究室のサーバですが，Vagrantで運用しているゲストOSを停止させ，ほかはそのままの状態で，sudo do-release-upgradeを実行したところ，1時間もかからずに「再起動しますよ」のメッセージが出まして，うまく再起動できました．
帰宅して夕食をとり，子らを風呂に入れてから，SSHでそのサーバに入りました．ログインはできて，コマンド実行も問題なし，と思いきや，Vagrantfileのあるディレクトリに移動してから，vagrant upを実行すると，エラーが表示されました．
自分が管理しているWebアプリケーションはどうか…どれも，使い物にならなくなっていました．また学生からも，CGIが機能していないとメールが届いていました．
Webサーバは起動していましたので，CGIそのものというよりはsuEXECだろうと想像したところ，どうやら当たりで，/etc/apache2/mods-enabledにsuexec.loadがありません（/etc/apache2/mods-availableにはあるのですが）．そこで以下のコマンドを実行しました．
$ sudo a2enmod suexec $ sudo service apache2 restart
これで，環境変数を出力する単純なCGIが，うまく動くようになりました．
次はPHPの対策をしますか．研究としては，学生に「PHP禁止」を通達してかなりの年数になるのですが，1つだけ，サービスがPHPで書かれているのです．
次のページが有用でした．
以下のコマンドを実行しました．
$ sudo apt-get install php libapache2-mod-php $ sudo vim /etc/apache2/mods-available/php7.0.conf （「php_admin_flag engine Off」とその上下2行ずつの先頭に「#」をつける） $ sudo service apache2 restart
なお，上記ページでは「sudo systemctl apache2 restart」とありますが，自分の環境ではうまくいかず，systemctlに替えて従来のserviceコマンドを用いました．
動作確認にはphpinfo…ですが，ブラウザからのアクセスでは「真っ白」です．コマンドラインからだと，こうです．
$ cd （略） $ php phpinfo.php <? phpinfo(); ?> $ cat phpinfo.php <? phpinfo(); ?>
えっと，これは，「<?php phpinfo(); ?>」とすべきでしたっけ? PHP: PHP タグ - Manualによると，php.ini で short_open_tag を有効にすれば，<?もOKとのことなので，設定しました．具体的には以下のコマンドを実行し，「short_open_tag = Off」となっていた箇所を「short_open_tag = On」に変更してから，保存しました．
$ sudo vim /etc/php/7.0/apache2/php.ini $ sudo vim /etc/php/7.0/cli/php.ini
Apacheの再起動も忘れずに．
$ sudo service apache2 restart
これで，php phpinfo.phpのコマンドで詳細情報が表示され，ブラウザからのアクセスでも，うまくいきました．
しかし，PHPで作ったサービスは，動きません．phpコマンドを通してみると，エラーメッセージが出まして，そこから，PHPでPostgreSQLに接続することができないと分かりました．
パッケージを入れましょう．
$ sudo apt-get install php-pgsql $ sudo service apache2 restart
これで，サービスが動きました．
最後に，Vagrantの対応です．エラーメッセージは次のとおりです．
$ cd （略） $ vagrant up The provider 'virtualbox' that was requested to back the machine 'default' is reporting that it isn't usable on this system. The reason is shown below: Vagrant has detected that you have a version of VirtualBox installed that is not supported. Please install one of the supported versions listed below to use Vagrant: 4.0, 4.1, 4.2, 4.3
（この）Vagrantでは，VirtualBoxのバージョンは4.0〜4.3でないとダメなんだよ，と読めます．インストールされているバージョンを確認します．
$ sudo apt-get install vagrant パッケージリストを読み込んでいます... 完了 依存関係ツリーを作成しています 状態情報を読み取っています... 完了 vagrant はすでに最新バージョン (1:1.7.2) です。 アップグレード: 0 個、新規インストール: 0 個、削除: 0 個、保留: 1 個。 $ sudo apt-get install virtualbox パッケージリストを読み込んでいます... 完了 依存関係ツリーを作成しています 状態情報を読み取っています... 完了 virtualbox はすでに最新バージョン (5.0.24-dfsg-0ubuntu1.16.04.1) です。 アップグレード: 0 個、新規インストール: 0 個、削除: 0 個、保留: 1 個。
VirtualBoxのバージョンが5に上がっているのは想定内ですが，Vagrantのバージョンが1.7.2で，これが最新というのは，腑に落ちません．
検索すると，解決策が見つかりました．
Vagrantのパッケージは，Ubuntuのapt-getコマンドとは別の方法でインストールせよ，ということでした．次のページも参照しました．
実行したコマンドは次のとおりです．
$ wget https://releases.hashicorp.com/vagrant/1.8.5/vagrant_1.8.5_x86_64.deb $ sudo dpkg -i vagrant_1.8.5_x86_64.deb
それから「vagrant up」を実行すると，エラーなく起動処理を始めました．このホストOS（の中のデータベース）にアクセスする，CGIを使ったWebサービスは，ファイルを書き換えることなく，動くようになりました．
