Linuxで，Webサーバだけでなく，ファイルを共有できるようなサーバにもしたいのですね．
サーバ以外の，ファイルをやりとりするマシンはWindowsなんですね…．
じゃあ，4つくらいやり方が考えられます．いずれも一長一短ですから，何をしたいかをよく考えてから，決めてください．上役の人と相談するのもいいでしょうし，何なら僕も立ち会いますよ．
一つ目は，Sambaです．
Windowsの側は，特別なソフトウェアをインストールする必要はなく，エクスプローラだけでアクセスできます．ユーザ名とパスワードによる認証も可能です．
ノウハウは書籍やWebに十分ありますが，ちょっと下火かな．
ファイルのやり取りは，組織の中だけになります．
組織外からもアクセスOKにする設定は，できなくはないと思いますが，セキュリティの確保ができるのかどうか，わかりません．
その次は，SSHです．
Windowsでは，WinSCPというソフトウェアをインストールします．
サーバ側も簡単で，ssh-serverもしくはopenssh-serverというのを入れるだけです．
あそうだ，アカウントを作る必要もありますね．
なお，通信は暗号化してくれますし，圧縮や，パスワードを使わない認証なんてのも可能です．
三番目は，Subversionです．
Subversionは，バージョン管理システムの一つです．
Windowsでは，TortoiseSVNというソフトウェアを入れればいいでしょう．
サーバ側は，お手軽コースからきめ細かいコースまで，いろいろ考えられます．けっこう手間がかかりますが，僕自身は3年以上，自分の研究室の中でも2年近く，これを使ってソースコードやプレゼン資料，執筆論文の管理をしているので，ノウハウはあります．
ただしSubversionは，単にファイルをやりとりしたいとうのならオーバースペックです．
ホームページのHTMLファイルのように，何度も書き換えるようなファイルを管理するというときには，検討に値すると思いますよ．
最後は，Dropboxです．*1
Dropboxは，無料で使える，外部ストレージサービスの一つです．
うん，ファイルの管理を外部に任せるのです．邪道かもしれませんし，通信時間の問題は一応あるのですが，ファイルを受け取りたいとかサーバに送りたいとかいう積極的なアクションをとることなく，交換できてしまうのは，強みだと思います．
Dropboxを使うためのソフトウェアを，WindowsにせよLinuxにせよダウンロードしてインストールして，みなが使うためのユーザを申請することになります．
